针对员工漏打卡被公司扣工时的合法性，可依据《中华人民共和国劳动法》相关规定进行分析：
根据《中华人民共和国劳动法》第五十条（1995年1月1日施行）：“工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人。不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。”第九十一条：“用人单位有下列侵害劳动者合法权益情形之一的，由劳动行政部门责令支付劳动者的工资报酬、经济补偿，并可以责令支付赔偿金：（一）克扣或者无故拖欠劳动者工资的……” 公司扣工时本质是扣减对应劳动报酬，若员工实际提供劳动，公司仅因漏打卡扣工时，属于“无故克扣工资”，违反第五十条；若公司无合法依据扣工时，劳动者可依据第九十一条维权。综上，无合法依据的扣工时行为违反劳动法。
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员工漏打卡被公司扣工时，可能存在以下法律风险：
1. 工资权益受损风险：若公司无故扣工时，员工将损失对应劳动报酬，若长期漏打卡被扣款，可能影响基本生活。例如：员工每月漏打卡2次，每次被扣4小时工时，按月薪5000元计算，每月损失约238元（5000÷
21.75÷8×4×2）。
2. 证据链缺失风险：若员工未留存实际劳动证据，公司以漏打卡为由拒付工资，员工维权时因证据不足可能败诉。例如：员工漏打卡后未保存工作邮件，公司否认其当天上班，员工无法证明实际劳动，仲裁可能不支持其诉求。
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员工漏打卡被公司扣工时后，常见的错误操作可能影响维权：
1. 未及时留存证据：漏打卡后未保存实际劳动的证据，导致后续无法证明自己提供了劳动，维权时缺乏关键依据。
2. 盲目签署扣款确认书：在公司要求下，未核实扣款合法性就签署确认书，视为认可扣款行为，后续难以推翻。
3. 超过仲裁时效维权：劳动争议仲裁时效为一年，若未在知道权利被侵害之日起一年内维权，可能丧失胜诉权。
若已出现上述错误操作，建议及时咨询律师，评估是否有补救措施。
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员工漏打卡被公司扣工时的处理，可能受以下特殊情况影响：
1. 公司规章制度经民主程序制定并公示：若公司漏打卡扣工时的规定经职工代表大会或全体职工讨论通过，且向员工公示，则该规定合法有效，员工漏打卡且无法证明实际劳动时，公司可扣工时。
2. 员工与公司另有约定：若员工与公司签订补充协议，约定漏打卡可扣工时，则该约定优先于一般规定，公司按约定扣工时合法。
3. 当地最低工资标准限制：若扣工时后工资低于当地最低工资标准，即使公司有规定，也因违反法律强制性规定而无效，公司需按最低工资标准支付工资。

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